虽然我国化肥产业市场化改革早已提上主管部门议事日程，有关部门也早已印发了草案征求意见稿，但因改革究竟会给化肥生产与农业生产带来什么样的影响目前尚无定论，所以改革方案至今没有出台。目前比较公认的方案是：分步骤取消对化肥生产实行的优惠政策，即先取消天然气优惠，再取消电力及运输优惠，然后取消增值税优惠，并对农民种粮实行直接补助。

    对此，业内专家分析，这一方案的实施有可能对化肥生产、农业生产和农民收入带来以下影响：一是导致化肥生产成本增加，部分企业因无力承受增加的成本，而影响市场供应能力；二是在市场经济条件下，受国际市场和原料市场等因素影响，化肥供应和价格有可能出现难以控制的波动；三是导致农民生产支出增加，进而影响粮食产量，降低农民收入。

    专家认为，我国化肥产业虽然正在逐步走向以市场调控为主、政策调控为辅的道路，但仍应保留一定的扶持政策。原料优惠，目前以天然气优惠和中小化肥企业电价优惠占主导，煤炭优惠基本不存在；运输优惠，目前仅化肥成品享受优惠，原料基本没有优惠；税收优惠，氮肥免收增值税，复合肥生产中按规定使用免税原料占 70%以上时产品免税，但实际上复合肥生产很少能享受到这一政策；配额内进口化肥实行增值税先征后返、淡季储备贴息，相当于每吨化肥有50元的利息补贴。由此可以看出，化肥产业优惠政策虽涉及面很宽，但每项政策落实在不同化肥产品及生产企业中却存在很大差异。总体看来，我国化肥产业优惠政策虽然随着市场经济的发展在逐步减少，但仍达到400亿元左右，影响程度大小依次为增值税、电价、铁路运价和计划内天然气价格。虽然政策改革对化肥产业的影响可通过技术进步、产业结构调整来适应，但化肥成本和出厂价上涨是必然的。化肥市场价格的上涨势必给下游消费者即广大农民带来影响，农民会选择少买化肥甚至干脆选择放弃种粮，这将会严重威胁到国家粮食安全。

    化肥生产优惠政策的调整，对产业的影响是复杂的，随着调整力度加大，市场价格必然上涨，产业结构和产品结构都会发生很大变化。为此，专家建议：化肥产业走市场化改革是大势所趋，但一定要有3～5年时间的过渡期，给化肥企业、农资市场建设一个逐步适应和调整的过程，这一过程是十分必要的。